Segundo relato de Frank Arjava Petter, que foi quem pesquisou as origens do Reiki Usui tradicional, por volta de 1997, comprovou-se que o sistema original criado pelo Dr. Usui estava na realidade baseado na intuição. O praticante deveria obedecer a suas mãos. Uma vez que o Reiki se aprende e é praticado no Japão há muitos anos, não era necessário um sistema determinado de posições e uma duração fixa de tempo em cada uma delas. Os sistemas de doze, quatorze ou mais posições foram criados no Ocidente. Do manual do Dr. Hayashi entende-se claramente que ele não criou posições “ocidentais” das mãos. É possível que ele as tenha criado a partir do encontro com Hawayo Takata. Isso não quer dizer que não se deva utilizar as posições ocidentais de mãos. Elas cumprem seu objetivo e são de grande ajuda, especialmente para os iniciantes.
Sob a direção do Dr. Usui, na sede da Usui Reiki Ryoho Gakkai realizavam-se quatro reuniões mensais, e nelas se realizavam as seguintes atividades:
Recitavam-se me voz alta os poemas de Meiji-Tenno (O Imperador Meiji), já que o Dr. Usui era muito afeto a ele e falava dele com muito respeito. Os imperadores japoneses são considerados como encarnação do deus Shinto e até hoje muitos japoneses reverenciam seu imperador e toda a família imperial. Mesmo hoje em dia, em muitas casas se encontram fotografias da família imperial.
Do ponto de vista político, a Reforma Meiji (1868-1912) foi uma época de muitas transformações e desordem, ou seja, uma época em que se quebraram várias estruturas e se criaram novas. Nos primeiros anos desse período, o budismo e o cristianismo foram violentamente perseguidos.
Quando o budismo foi introduzido no Japão no século V, se mesclou com a religião japonesa original, o shintoísmo, e muitos japoneses eram adeptos de ambas as crenças. A Reforma Meiji tinha por objetivo separar as duas religiões e declarar o shintoísmo como religião de Estado. Nesse processo foram mortos muitos monges budistas, fecharam ou destruíram muitos monastérios e seus habitantes foram obrigados a decidir aderir ao shintoísmo ou sofrer severas conseqüências. Muitos grupos cristãos passaram à clandestinidade ou se dissolveram completamente.
Essa violenta frente de grupos religiosos deve ter sido o motivo pelo qual o Dr. Usui integrou os princípios Meiji ao seu trabalho com o Reiki. Provavelmente quis escapar do destino de tantos outros grupos de sua época dedicados à cura energética. O Taireidou (grupo de cura pelas mãos), por exemplo, foi proibido e para sobreviver dividiu-se em numerosos grupos.. O cargo do Dr. Usui como secretário de Shinpei Goto, um político de alto nível de sua época, foi um fato importante naquelas circunstâncias.
Suas conexões políticas e o fato de que muitos praticantes de Reiki na época do Dr. Usui vinham de setores da alta sociedade, (um artigo de um periódico do ano de 1929 dizia que o presidente do Banco de Tókio era um praticante de Reiki) salvaram o movimento Reiki das perseguições. Entretanto, durante a segunda guerra mundial, alguns praticantes de Reiki temiam que seu grupo fosse associado ao movimento pacifista, e esse talvez tenha sido o motivo pelo qual a Gakkai suspendeu suas atividades durante a guerra. Depois de 1945 ela as retomou.
Durante as reuniões de Reiki do Dr. Usui, os participantes diziam em voz alta os poemas e ouviam depois uma palestra sua. Parece que tinha muito humor e uma grande energia vital. Muitas pessoas queriam tocar suas roupas para poder conectar-se e absorver essa energia transbordante. Isso acontecia com os santos da Índia e seguramente era o caso também dos santos católicos.
Após recitar os poemas do Meiji Tenno, o Dr. Usui explicava o Reiki aos participantes, de onde vinha e como devia ser utilizado e descrevia um caso para ilustrar suas explicações. Os participantes praticavam a meditação Gassho e a técnica respiratória Joshin Kokyuu-Ho e depois se tratavam entre si.